3.1用地获取工作繁复
站区综合开发第一个重要环节就是开发用地的获取，开发用地的确认、整合和土地增值收益分配是前期谈判中的主要议题。在铁路客站及周边区域，铁路用地与地方用地大多交织混杂，铁路内部土地归属权还存在国铁集团直接管辖及地方铁路局或基层运输站段管辖的差异。站区综合开发必须对站前广场、邻近市政设施等进行整体的规划整合，铁路配置资源和政府调控资源之间统筹协调难度十分大。而且，综合开发用地的获取与铁路建设用地的获取是两个体系，国家审批铁路建设用地的各项流程和规则已经较为成熟完善，但是综合开发用地涉及诸多利益关联方，面临的情况各不相同，站房建设用地的划拨较为容易，但是综合开发用地的增加就困难重重。
同时，现行城市规划对站场土地规划用途基本上是铁路用地或城市公建配套用地，不具备综合开发条件。对铁路站区进行综合开发，需要调整原有的土地规划和城市规划，对土地使用性质、容积率、建筑密度等重要硬性指标的修订、调整和报批程序繁琐，对于综合开发与建设项目同步规划建设的时限要求形成挑战。
3.2主体众多权益交错
铁路土地综合开发的一个初衷是推进铁路投融资体制改革，促进土地开发经营收益反哺铁路主业，缓解铁路资产负债率过高的压力。从这个功能来讲，应该支持铁路企业作为开发主体，按照“谁开发、谁收益”的原则来推进项目。铁路土地综合开发涉及铁路运输、投资运营等复杂界面，需要地方政府、地产开发商和铁路部门配合，地方政府又包括发改、规划、交通、交管、住建、市政等多个部门，相关利益方较多。土地作为地方政府的重要资源，地方政府可以凭借自身的资源条件围绕站点周边进行开发，与铁路合作的内在动因不足。因此常见的高铁新城基本上由地方主导，铁路往往很难参与其中。虽然国家和地方政府多次发文支持铁路土地综合开发，但任何支持政策也没有强制性地规定国铁集团在其中的角色定位和相应的权、责、利，实际上约束性并不强。目前地方政府在与商业机构联合开发土地方面已经经验丰富，地铁站上盖商场也十分常见，但是进入铁路领域，涉及的利益博弈更加复杂，“路地”双方在铁路土地开发的收益归属、开发范围等方面分歧巨大，平衡利益十分困难。
3.3结构复杂设计难度大
站区综合开发需要全面系统的前期规划作为保障。对于铁路来说，目前普遍存在着综合开发专业能力不足的问题，特别是缺乏TOD综合体开发的专业能力和经验。
TOD 综合体开发包括对地上和地下竖向空间的一体化开发，综合开发的建筑工程设计实施需要与铁路站房工程同步展开。TOD 上盖开发与站房建设联系紧密，上盖开发的空间结构十分复杂，并且在上盖空间出让前就需要确认工程结构条件。建筑结构设计要合理引导客流、车流、商业流，满足地上和地下的空间对接和功能衔接，也要满足商家入场后的业态布局需求，对于不同类型的经营项目要具备一定的通用性。融合车站交通功能与综合开发商业功能，同时还要与周边城市街区打通和衔接，TOD 综合开发对建筑设计的要求非常高。因此我们看到，重庆沙坪坝站TOD 综合体在前期做了大量方案的情况下，最终仍然选择引进了具有实际开发经验的日建设计集团。
同时，站区综合开发还面临方案审查周期长的问题。铁路综合开发涵盖铁路与地方两个方面的规划、设计、施工协作，包括的管理部门和主体众多，方案设计上有铁路与地方各自审批的部分，也有空间交叉需要双方联合审批的部分，导致协调时间周期长、审查周期长。
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