(1) 用地性质单一划分的局限性站城一体化设计最重要的一个特征就是土地的混合利用和多元化的开发。为此，日本的《宅铁法》中首先就是对土地的区划进行了调整，对客站用地通过集约换地进行整合，然后再进行一体化开发建设。我国传统对土地利用的规划主要是二维划分为主，各地块有明确、单一的功能属性，不同用地性质的地块不允许进行混合开发。因此，在客站专用的交通用地上建设城市功能，首先就是建筑用地性质的改变，往往这一点是变更是比较难达成的，不仅仅在于程序上的繁琐，同时利用相对低廉的交通用地用来搞城市商业开发，会对当地的房地产市场造成一定的冲击，土地不能混合开发的原因，一定程度上对站城一体化设计的推进形成了限制。
(2) 投资建设主体不同的局限性站城一体化的设计模式往往涉及多个利益主体和不同的投资方及建设方（如图2- 5）。我国高铁立项一般是由国家发改委负责；高铁线路的规划和选址由地方部分和铁路部门共同决定；高铁客站的设计与建设由铁路部门单独负责；客站周边的站前广场、地下空间及城市功能则由地方引资建设。不同的投资主体造成了各方利益之间难以平衡，同时不同的管理部门之间也缺乏统一的整合机构，造成了站城一体化建设难以推进的现状。只有当不同投资主体以及部门之间协同合作时，站与城的一体化设计才能顺利进行，才不会受限于公与私或者建筑的归属问题。美国、日本等发达国家在这方面已经运作的较为成熟，也制定了由第三方统筹管理的规章制度。
(3) 施工建设时序不同的局限性不同的建设周期和时序对客站与城市的一体化开发形成了阻碍。铁路客站的建设周期相对较短，一般需要在2 年之内建成通车，周期稍长的大概为3-5 年。铁路客站主要承担的是国家的交通职能，因此在规划的时间内需要建成通车。而与客站相结合的城市功能，由于功能比较复杂、投资资金较大、涉及利益主体众多，造成了开发周期比较长的局面。由于责任主体不同及承担的责任较大，各方在保证自己的基本职责及利益的前提下，往往造成了两者在建设时序上的脱节，高铁客站建设的比较快，与城市功能相关的建筑建设比较慢，较难形成统筹一体的开发建设。
运营管理体制不同的局限性站城一体化是否能高效的运转，一方面在于建筑空间的一体化，另一方面在于各方管理运营部门之间是否能协同运作、联合施策（如图2- 5）。我国目前各方的分离式管理，造成了铁路客站、地铁、商业空间及城市广场之间的空间边界明确，功能相互独立，难以形成整合连续的空间体验。同时，不同运营管理部门之间缺乏良好的衔接性，如目前地铁和铁路客站之间安检的不互认，造成旅客多次安检，给使用换乘带来不便。